- La construcción original fue dedicada a la sede del Palacio Arzobispal y se inició entre 1573 y 1579, por orden de fray Diego de Landa, Obispo de la provincia de Yucatán; sin embargo, es hasta el obispado de fray Gonzalo Salazar 1608 - 1636 que se terminó la edificación.
- Albergó la capilla de San José y la del Santo Rosario durante el siglo XVII . Después fue el Seminario Conciliar de Nuestra Señora del Rosario y de San Ildefonso. En el siglo XIX, fue la sede de la universidad superior llamada Colegio de San Ildefonso, alma máter de numerosos personajes históricos.
- Originalmente la construcción era de un solo piso y sobria en adornos exteriores. Entre 1751 y 1760 bajo el arzobispado de fray Ignacio de Padilla y Estrada, se construyeron el segundo piso y los balcones. Al pasar los años, el edificio registró transformaciones hasta alcanzar su arquitectura de estilo neoclásico afrancesado.
- En 1916, durante el gobierno del general Salvador Alvarado, se autorizó la separación del edificio de la Catedral derribando dos capillas, con lo que se construyó el “Pasaje de la Revolución” entre ambos edificios con techumbre de hierro y cristal, que no resistió los embates del tiempo y fue demolida en los años 40's. La reconstrucción del Pasaje actual se inauguró en el año 2001.
- Salvador Alvarado, entusiasta propagador de ideas sociales-liberales, convirtió el edificio en “Ateneo'' donde la población tuviera acceso a clases de música, literatura y dibujo; aunque una parte del mismo fue destinada también para menesteres oficiales.
- La inscripción "Ateneo Peninsular" que se puede leer en la fachada, se debe al nombre de la sociedad literaria de la que el inmueble fue sede, misma que se encuentra bajo las esculturas de dos figuras femeninas que representan las artes y el progreso. En 1991 se inician las gestiones correspondientes para convertirlo en museo.
